В 90-е годы в различных регионах России создавались и действовали национальные общества, землячества, культурные объединения азербайджанцев. Большинство этих организаций много и плодотворно работали, достигли хороших результатов в деле консолидации азербайджанцев, защиты их прав, но со временем стало понятно, что разобщенность этих структур тормозит их усилия и не позволяет решать многие сложные проблемы.
В 1996 году был принят Федеральный закон «О национально-культурной автономии», где были четко прописаны правовые условия взаимодействия государства и общества для защиты национальных интересов граждан Российской Федерации в процессе выбора ими путей и форм своего национально-культурного развития.
Закон о национально-культурной автономии был направлен на реализацию международных обязательств России по защите прав национальных меньшинств в соответствии с международными нормами, принятыми Россией в связи со вступлением в Совет Европы. Это наложило отпечаток на его особенности как вида общественных объединений.
Первой отличительной особенностью национально-культурной автономии является ее субъект – граждане Российской Федерации, которые оказываются в силу определенных обстоятельств в ситуации национального меньшинства.
Другой особенностью является ее цель – самостоятельное решение вопросов сохранения самобытности, развития языка, образования, национальной культуры, СМИ, гражданского общества.
Именно для решения этих целей государство создало институт национально-культурной автономии и однозначно определила ее как форму национально-культурного самоопределения, представляющую общественное объединение граждан Российской Федерации, относящих себя к определенной этнической общности.
Основной идеей, заложенной в законе, была идея государственной поддержки образуемого института в существовании которого государство крайне заинтересовано, чтобы его граждане могли реализовать свои национально-культурные потребности.
Российские азербайджанцы, руководствуясь этим новым законом, приняли решение о создании Федеральной национально-культурной автономии азербайджанцев России (ФНКА АзерРос), которая бы представляла социальные, национально-культурные, языковые интересы граждан РФ азербайджанской национальности в федеральных и региональных органах законодательной и исполнительной власти, защищала их права и свободы.
Основой создания ФНКА АзерРос стали такие организации, как «Центр азербайджанской культуры» и общество «Соотечественники», которые, объединившись, образовали Московскую национально-культурную автономию азербайджанцев. Среди организаторов НКА как в Москве, так и в регионах были известные представители азербайджанской культуры, науки, бизнеса. Одновременно с Москвой создавались национально-культурные автономии в регионах России: Твери, Ярославле, Костроме, Калуге и других. Началась работа по объединению этих организаций в Федеральную национально-культурную автономию азербайджанцев России, а также подготовке к первому съезду азербайджанцев России.
Первый съезд Федеральной национально-культурной автономии азербайджанцев России состоялся 15 июня 1999 года, он избрал организационный комитет, который в свою очередь избрал Федеральный Совет ФНКА АзерРос. Первым председателем Совета был Керимов Джангир Алиаббас оглы, руководителем исполкома – Керимов Агададаш Джабраил оглы.
Первый съезд ФНКА АзерРос состоялся 15 июня 1999 года, на котором был избран Организационный комитет, который в свою очередь избрал Федеральный Совет ФНКА АзерРос. Первым председателем Федерального Совета был избран заслуженный юрист Керимов Джангир Алиаббас оглы.
1 октября 1999 года ФНКА АзерРос была зарегистрирована в Министерстве юстиции РФ.
Создание ФНКА АзерРос стало первой попыткой объединить в России разрозненные азербайджанские общественные организации, придать им определенный статус, законные права по отстаиванию интересов азербайджанской общины в органах исполнительной и законодательной власти Российской Федерации. Постепенно налаживались контакты с министерствами и ведомствами, с органами внутренних дел всех уровней, политиками и общественными деятелями России. Руководители ФНКА АзерРос активно участвовали в работе Комитетов и Комиссий Госдумы РФ и Совета Федерации, в обсуждении актуальных вопросов, законопроектов. Тесные связи были налажены с Московской городской Думой. ФНКА АзерРос тесно сотрудничал с Министерством по делам федерации, национальной и миграционной политики РФ, затем с Министерством регионального развития РФ, которое оказывает помощь и поддержку в решении многих проблем, проведении крупных общественных, научных, этнокультурных мероприятий.
«Национально-культурная автономия призвана сплотить и защищать диаспору в России. Подобных ей организаций в России немало, что объяснимо: в сущности, «половина Азербайджана» находится нынче в России, отсюда и большое количество различных общин. Но сама азербайджанская диаспора неоднородна — есть ощущающие себя здесь гостями, временно проживающими, а есть азербайджанцы – граждане России, которые живут здесь десятилетиями. Поэтому ФНКА АзерРос должна быть не «чужестранной» организацией, а органично российской… Среди множества функций национально-культурной автономии, главная функция – выстраивание связей между Азербайджаном и Россией, в том числе, через её печатный орган, газету «АЗЕРРОС – Азербайджанцы России». Чингиз Гусейнов, писатель
С первых дней создания ФНКА АзерРос организация начала заниматься издательской деятельностью. 1 июля 2000 года вышел пилотный номер газеты «АЗЕРРОС – Азербайджанцы России» под редакцией Ермолаевой Валерии. С сентября 2000 г. газета стала выходить регулярно, один раз в месяц, а затем 2 раза в месяц и были периоды, когда она выходила еженедельно. Газета распространялась во многих регионах России и в Азербайджане. Была подписка по России и в странах СНГ. Главными редакторами в разные годы были Афранд Дашдамиров, Валерия Ермолаева, Джамиль Садыхбеков, Александр Бабакин, Вагиф Адыгезалов.
Газета была включена в российский каталог газет и журналов, с правом оформления подписки в самых разных городах и регионах России, получила Диплом Союза журналистов России за укрепление мира между народами, стала победителем Всероссийского конкурса журналистов за лучшие публикации по проблемам беженцев и была признана лучшей в номинации «Сила публичного слова». На седьмом Всероссийском фестивале СМИ «Вся Россия-2002» газета «АЗЕРРОС — азербайджанцы России» стала лауреатом фестиваля в номинации «За большую работу по укреплению межнационального сотрудничества», заняла второе место во Всероссийском конкурсе «СМИротворец» в номинации «Печать» за освещение межнациональных отношений в Твери и области. Газета зарегистрирована Роскомнадзором.
Информационным электронным ресурсом ФНКА АзерРос является сайт www.fnkaa.ru, основной целью которого является информирование читателей, прежде всего, о деятельности организации, азербайджанской общины России и за рубежом, ее выдающихся представителях, а также важнейших общественно-политических и культурных событиях и фактах, происходящих как в России, так и Азербайджане.
Первым большим мероприятием ФНКА АзерРос стала Международная конференция «Россия – Азербайджан. История и современность», в котором приняли участие известные российские и азербайджанские ученые – историки, экономисты, политологи, в частности, заместители министра культуры, министра юстиции и министра по делам национальностей, академик РАН Афранд Дашдамиров, азербайджанский академик с мировым именем Тофик Кочарли, известный литератор, профессор Чингиз Гусейнов, писатель Абдул Гусейнов, член-корреспондент Российской академии образования, доктор педагогических наук, ветеран Великой Отечественной войны Кадрия Салимова, замруководителя Департамента межрегионального взаимодействия Министерства РФ по делам национальностей и федеративным отношениям О.А.Савченко, профессор Ульяновского государственного университета Н.Б.Шмелева, генерал-лейтенант Герой Советского Союза, лауреат Ленинской и Государственной премий Керим Керимов, известный предприниматель Арас Агаларов и другие. Конференция стала важным событием в жизни азербайджанской диаспоры России.
При ФНКА АзерРос был создан издательский дом «Азер Медиа» и Медиахолдинг «АЗЕРРОС», в рамках которых издавались газета «Я — гражданин» и журнал «Вестник. XXI век».
В целях реализации государственной национальной политики, сохранения межнационального взаимопонимания и межконфессионального согласия, обеспечения стабильной социально-политической обстановки в России ФНКА АзерРос в течение всего периода, с 1999 и по 2021 годы, организовывала и реализовывала многочисленные мероприятия и культурно-просветительские проекты.
ФНКА АзерРос открыта для сотрудничества со всеми заинтересованными организациями и учреждениями с целью укрепления взаимопонимания и общечеловеческих взаимоотношений между народами России и Азербайджана.
С марта 2000 г. по 2013 гг. президентом ФНКА АзерРос являлся Союн Касумович Садыков.
В январе 2013 года состоялся очередной 5-й съезд ФНКА АзерРос. Председателем Федерального совета ФНКА АзерРос была избрана Мехрибан Садыгова, президентом ФНКА АзерРос — Асиф Магеррамов.
В Московском Доме национальностей 20 февраля 2015 года на внеочередном VII (отчетно-выборный) съезде ФНКА АзерРос единогласно президентом автономии была избрана Садыгова Мехрибан Эльдар кызы. Председателем Федерального совета ФНКА АзерРос — Пашаев Фаяз Аладдин оглы.
На VIII-м очередном Отчетно-выборном Съезде ФНКА АзерРос, состоявшемся 12 декабря 2020 г. в он-лайн режиме, президентом организации был избран Алиев Ханоглан Сале оглы, председателем Федерального совета – Садыгова Мехрибан Эльдар кызы.